Колени. Попробовать сочетать бег и ходьбу: 1-2-3(до 10) минуты бег, 1-2 ходьба. Лучше всего, купить часы с сигналом для интервальной тренировки. Еще проверить свою технику бега. При большом весе есть тенденция ставить ноги широко (в идеале они ставятся на одну линию), это нагружает колени в боковом направлении.