При интервальном беге внутри организма происходят значительные изменения. Быстрый бег организм воспринимает как сигнал к началу расщепления гликогена. Из-за высоких затрат энергии запасы гликогена при интенсивном беге быстро истощаются. Организм переключается на расщепление жира. Метаболизм в организме обладает своей особой инертностью, то есть, нет различий колебания скорости бега на маленьких интервалах. Другими словами организм «думает», что вы бежите постоянно с высокой скоростью, и энергии вам требуется всё больше и больше.